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微生物基因組DNA序列標(biāo)準(zhǔn)RM 8375建議使用基因組序列來(lái)評(píng)估變異調(diào)用的準(zhǔn)確性，而不是基因組組裝，因?yàn)檎粶y(cè)量方法對(duì)基因組序列結(jié)構(gòu)存在分歧，并且無(wú)法解決差異。由于與用于評(píng)估堿基調(diào)用準(zhǔn)確性的方法相關(guān)的復(fù)雜性以及基因組序列中的潛在錯(cuò)誤，強(qiáng)烈建議用戶手動(dòng)檢查具有高堿基調(diào)用錯(cuò)誤率的推定區(qū)域周圍的對(duì)齊讀數(shù)。

微生物基因組DNA序列標(biāo)準(zhǔn)RM 8375這些組件基于來(lái)自多種測(cè)量方法的數(shù)據(jù)；我們使用多種正交方法對(duì)材料進(jìn)行了評(píng)估，以盡量減少與各個(gè)平臺(tái)相關(guān)的系統(tǒng)誤差的影響。這些數(shù)據(jù)可在國(guó)家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 序列讀取檔案 (SRA) 中以生物樣品 SAMN02854572、SAMN02854573、SAMN02854574 和 SAMN02854575 的 MG-001、MG-002、分別為 MG-003 和 MG-004 [4]。

序列分析是生物信息學(xué)重要的研究課題，其研究?jī)?nèi)容和許多熱點(diǎn)問(wèn)題密切相關(guān),如種系發(fā)生學(xué)、分 子進(jìn)化、突變和選擇對(duì)基因以及蛋白質(zhì)的影響、基因組和基因的組分與蛋白質(zhì)組分之間的關(guān)系、密碼子  的起源以及密碼子模式和密碼子使用的偏好性等等。

不同微生物生存條件不同，受環(huán)境等因素影響不同，基因組的組分差別很大，對(duì)于這種差別通常用  基因組堿基 G 和 C 的含量描述。 早在上世紀(jì)中葉， 已有學(xué)者提出微生物基因組 GC 含量范圍在 26%-74% 之間[4]，隨著大規(guī)模微生物基因組測(cè)序計(jì)劃的不斷發(fā)展，大量微生物基因組序列已被測(cè)定，現(xiàn)有數(shù)據(jù)表  明微生物基因組 GC 含量的變化范圍已經(jīng)超出這一范圍。2004 年,  天津大學(xué)張春霆教授發(fā)表文章對(duì) 809  種生物基因組和 236 個(gè)質(zhì)粒進(jìn)行分析[12],  提出 S 參數(shù)描述基因組的組分，并第一次對(duì)所有物種基因組的 GC 含量區(qū)間進(jìn)行預(yù)測(cè)。雖然，目前 NCBI 網(wǎng)站公布的基因組 GC 含量數(shù)據(jù)已超出其預(yù)測(cè)值，但這方面  工作仍然具有重要意義，這方面的理論還有待于進(jìn)一步發(fā)展。

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