一、轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒炌獍?wù)介紹
轉(zhuǎn)錄組即某個物種或特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA的總和，是研究細(xì)胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細(xì)胞在不同的生長時期及生長環(huán)境下，其基因表達(dá)情況是不*相同的。轉(zhuǎn)錄組測序（RNA-Seq）是指利用第二代高通量測序技術(shù)進(jìn)行cDNA測序，全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本。相對于傳統(tǒng)芯片而言，RNA-Seq無需預(yù)先設(shè)計探針，即可對任意物種的任意細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行檢測，能夠提供更精確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的強(qiáng)大工具。
二、轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒炌獍?wù)操作流程
1. 全轉(zhuǎn)錄組總RNA提??；
2. mRNA分離和文庫構(gòu)建；
3. 高通量測序；
4. 數(shù)據(jù)處理與生物信息學(xué)分析；
5. 測序報告生成
三、轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒炌獍?wù)生物信息分析
(一)無參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組
1. 標(biāo)準(zhǔn)信息分析
1) 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭序列及低質(zhì)量reads的處理；
2) 數(shù)據(jù)產(chǎn)出統(tǒng)計及測序數(shù)據(jù)的成分和質(zhì)量評估；
3) 進(jìn)行基因表達(dá)定量分析
4) 組裝結(jié)果分析；
5) Unigene功能注釋及COG分析；GO分類；pathway分析；NR分析；Swissprot分析
6) Unigene表達(dá)差異分析；
7) 差異基因的表達(dá)模式聚類分析
8) 差異表達(dá)基因的GO功能富集分析和Pathway富集性分析；
9) 差異表達(dá)基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析；
10) SNP分析
2. 高級分析
轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析，及網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建和重要TF分析；
通路交互網(wǎng)絡(luò)分析，重要通路分析。
差異表達(dá)基因共表達(dá)分析，構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖
轉(zhuǎn)錄因子活性分析，預(yù)測zui重要的轉(zhuǎn)錄因子；
基因共上游調(diào)控元件預(yù)測
miRNA預(yù)測，預(yù)測調(diào)控靶基因的重要miRNA
轉(zhuǎn)錄組測序?qū)嶒炌獍?wù)主成分分析
(二)有參考基因組序列的轉(zhuǎn)錄組
1. 標(biāo)準(zhǔn)信息分析
1) 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行去除接頭污染序列及低質(zhì)量 reads 的處理
2) 參考基因組比對
3) 進(jìn)行基因表達(dá)定量分析
4) 可變剪切分析（真核）
5) 新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測：新mRNA和新lncRNA預(yù)測
6) 差異表達(dá)基因分析（2個或者2個以上的樣本）
7) 差異基因的表達(dá)模式聚類分析
8) 差異基因的GO功能富集分析和KEGG PATHWAY富集分析
9) 差異基因的蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析
10) SNP分析
2. 高級分析
lncRNA-mRNA表達(dá)關(guān)聯(lián)性分析，及網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建；
轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析，及網(wǎng)絡(luò)圖構(gòu)建和重要TF分析；
通路交互網(wǎng)絡(luò)分析，重要通路分析。
差異表達(dá)基因共表達(dá)分析，構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)圖
轉(zhuǎn)錄因子活性分析，預(yù)測zui重要的轉(zhuǎn)錄因子；
基因共上游調(diào)控元件預(yù)測
miRNA預(yù)測，預(yù)測調(diào)控靶基因的重要miRNA
主成分分析
藥物小分子預(yù)測分析（適用于人類），得到zui相關(guān)的藥物小分子。
四、樣品要求
1）樣品類型：細(xì)胞、新鮮組織或RNA樣品。
2）樣品的量：細(xì)胞樣品請?zhí)峁┲辽?×107個細(xì)胞，組織樣品請?zhí)峁┲辽?00mg的組織塊或切片，RNA樣品請?zhí)峁?0 μg以上的總RNA。
3）樣品質(zhì)量：RNA無明顯降解，提取的總RNA OD260/280值在1.8~2.2之間，濃度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。
4）樣品保存：細(xì)胞樣品或新鮮組織塊（切成~50mg的小塊）可用TRIZOL或RNA保護(hù)劑處理或液氮凍存后，-80℃保存。RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存。樣品保存期間避免反復(fù)凍融。
5）樣品運輸：樣品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰運輸。
