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液體處理專家如何自動(dòng)化、標(biāo)準(zhǔn)化捕獲測(cè)序文庫(kù)制備

來(lái)源: 貝克曼庫(kù)爾特商貿(mào)(中國(guó))有限公司    2020年10月12日 14:26  
  目標(biāo)區(qū)域捕獲測(cè)序技術(shù),是根據(jù)已知特定基因組區(qū)域序列設(shè)計(jì)寡核苷酸探針,通過(guò)雜交將目標(biāo)區(qū)域捕獲富集進(jìn)行二代測(cè)序。其針對(duì)目標(biāo)區(qū)域深度測(cè)序,增加了檢查靈敏度和準(zhǔn)確性。既滿足研究需求,又降低測(cè)序成本,在科研、臨床中均備受關(guān)注。
 
  液體處理專家貝克曼庫(kù)爾特推出Biomek 自動(dòng)化捕獲測(cè)序方案,幫助您實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化、標(biāo)準(zhǔn)化的捕獲測(cè)序。 由自動(dòng)化工作站進(jìn)行基因捕獲,可以減少手工操作時(shí)間,提高工作效率,增加結(jié)果的重復(fù)性和均一性。 Biomek工作站可實(shí)現(xiàn)從核酸提取,文庫(kù)構(gòu)建,定量混樣到捕獲的整體實(shí)驗(yàn)流程。
 
  Figure 1. 捕獲測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建自動(dòng)化流程
 
  由Biomek成功自動(dòng)化的雜交捕獲試劑盒:
 
   Agilent HaloPlex™ Target Enrichment - Ion Torrent
   Agilent SureSelect XT®
   Epicentre ScriptSeq® Complete Gold Low Input
   Illumina Nextera® Rapid Capture
   Illumina TruSeq® Exome
   Illumina TruSeq® Rapid Exome
   Illumina TruSight® Cancer
   Illumina TruSight® Tumor 15
   Illumina TruSight® Tumor 170
   IDT xGen® Exome Research Panel
   NEB NEBNext Direct™ Cancer HotSpot Panel
   Roche Nimblegen SeqCap EZ® for Illumina NGS
Biomek自動(dòng)化捕獲測(cè)序數(shù)據(jù)展示
 
  Figure 2. IDT xGen® Exome Research Panel試劑盒捕獲測(cè)序文庫(kù)制備。
 
  上圖: 片段分析,其中主峰1和2為雜交捕獲后cfDNA目標(biāo)片段峰;
 
  下圖:Qubit Fluorometric Quantification核酸定量結(jié)果。
 
  Figure 3. IDT xGen®雜交捕獲試劑盒歷史手工數(shù)據(jù)vs.
 
  Biomek i7自動(dòng)化工作站完成數(shù)據(jù)。A. 平均中靶率,B. 重復(fù)率,C. 覆蓋度,D. GC偏移。
 
  Biomek向?qū)杰浖僮鹘缑?/strong>
 
  在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數(shù)量,是否使用臺(tái)面整合的PCR儀,以及運(yùn)行工作流程的哪個(gè)部分。此外,具備臺(tái)面自動(dòng)校對(duì)功能,當(dāng)操作人員完成耗材擺放后,工作站可根據(jù)攝像頭拍攝,自動(dòng)判定耗材擺放是否正確,對(duì)錯(cuò)誤擺放位置進(jìn)行提示。避免由于人為擺放耗材錯(cuò)誤,導(dǎo)致設(shè)備碰撞或試劑、時(shí)間損失。
 
  Figure 4. 向?qū)杰浖僮?,IDT xGen® 雜交捕獲試劑盒方法選擇界面。
 
  Biomek自動(dòng)化捕獲測(cè)序——實(shí)踐速度與通量的飛躍
 
  Figure 5. 完成 24/48/96個(gè)樣本的自動(dòng)化IDT xGen®雜交捕獲測(cè)序文庫(kù)制備預(yù)估耗時(shí)。

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